Исходный код проекта про Адама и Еву
Added 2025-08-14 12:09:37 +0000 UTCПрограмма написана в среде Processing.
Для запуска нужно её установить и открыть файлы проекта.
https://processing.org/download
интерфейс
Здесь показаны все кнопки, но в интерфейсе они появляются, когда режим предполагает их наличие.
1. Включить/выключить отображение линий между точками
2. Выбор организма из последнего поколения
3. Выбор варианта тега гена. Эквивалентно выбору человека из первого поколения.
4. Перемещение по поколениям. Две кнопки снизу позволяют сразу переместится в начало или конец
5. Можно также перемещаться по поколениям, нажав в нужное место на полоске
6. Выбор режима. Разберём режимы ниже.
7. Выбор гена. В некоторых режимах можно выбрать только ген (0-7), в некоторый также и вариант этого гена (0-1)
8. Сохранение скриншота. Сохраняется в папке img в формате PNG. Имя файла в виде числа показано на кнопке. Число автоматически увеличивается, что бы была возможность сделать несколько скриншотов.
9. Сохранение модели, что бы потом можно было вернутся к ней. Сохранение длится достаточно долго (более 10 секунд) и стоит дождаться, когда в папке появятся файлы W.csv и M.csv
сохранение скриншотов и модели
Сохранения при каждом новом включении программы будут идти поверх старых сохранений, поэтому, если они нужны, то их стоит переименовать или переместить в другое место.
По умолчанию, программа при включении генерирует все заново.
Что бы загрузить сохранённую модель, нужно внести изменения в код
( поменять false на true у переменной LOAD).
было:
boolean LOAD = false;
String loadFileNameW = "W";
String loadFileNameM = "M";
стало:
boolean LOAD = true;
String loadFileNameW = "W";
String loadFileNameM = "M";
При этом указать имена файлов без расширения (.csv).
Женщины и мужчины сохраняются отдельно. ( W.csv и M.csv )
режимы
0. Режим Евы и Адама.
1. Режим просмотра варианта гена в популяции.
Если человека является носителем этого варианта гена, то он выделен тёмным.
Можно выбирать человека из первого поколения (3).
Можно выбирать ген, который нас интересует (7)
Можно двигаться по поколениям (4).
2. Режим просмотра генов от выбранного человека в популяции
То есть то же, что и режим 1, только сразу все гены.
Удобно искать тех, чьи гены вытеснили другие варианты
Можно выбирать человека из первого поколения (3).
Можно двигаться по поколениям (4).
3. Сразу все гены выбранного человека
Можно выбирать человека из первого поколения (3).
4. Предки выбраного человека.
В итоге показаны все предки выбранного человека, до которых можно построить родословную линию.
Можно выбирать человека из последнего поколения (2).
Можно двигаться по поколениям (4).
5. Общие предки
Синим показаны те, кто является предком для кого то из последнего поколения, но не для всех.
Можно двигаться по поколениям (4).
6. Кто смог передать свои гены до последнего поколения.
Без учёта Y-хромосомы и митохондрии.
Можно двигаться по поколениям (4).
То же самое, но за 960 поколений можно посмотреть в режиме 9.
7. линия передачи конкретного гена
Можно выбрать ген, который интересует (7) и человека из последнего поколения(2)
Если у человека из последнего поколения есть этот вариант гена, то построится линия того, как этот ген передавался.
Можно отключить отображение линий (1)
8. линия передачи конкретного гена для всех
Можно выбрать ген, который интересует (7).
Будут построены линии от всех из последнего поколения, кто имеет вариант выбранного гена.
Там где остаётся одна линия, помечено зелёными полосками сверху и снизу.
Этот режим похож на режим 7, но делается сразу для всех из последнего поколения.
Можно двигаться по поколениям (4).
Можно отключить отображение линий (1)
9. Кто смог передать свои гены до последнего поколения.
Без учёта Y-хромосомы и митохондрии.
То же самое, но за 180 поколений можно посмотреть в режиме 6.
10. Родословные линия для любого гена
Можно выбрать ген, который интересует (7), при чём любой из двух вариантов, присутствующих у человека.
Будет построен путь передачи этого варианта гена.
11. Все люди по которым передавался ген
Можно выбрать ген, который интересует (7).
Если в 960 поколении встречается этот ген, то чёрными точками будут выделены все люди, по которым этот ген передавался до последнего поколения.
Стоит заранее найти вариант гена, добравшийся до последнего поколения (например в режиме 3).
Синими полосами показано, где есть только одна ветка, две ветки, три ветки и больше трёх.
Так как у человека есть два варианта каждого гена, то две линии могут сливаться в одну, как показано на рисунке.
С правой стороны в некоторых режимах возникает таблица.
В ней информация о генах выбранного человека из последнего поколения (2).
Второй столбец ( 3, 46, 15, 82....) это теги генов, в хромосоме от матери.
Первый столбец ( 0, 1, 1, 0....) это из какой хромосомы матери пришёл этот ген, то есть это ген от бабушки или дедушки по линии матери.
То же самое по другим двум столбцам, только по отцовской линии.
Файлы проекта (Processing)
